جریمه‌های عدم ثبت‌نام یا تخلف عدم ثبت‌نام در سامانه مودیان یا عدم صدور صورتحساب الکترونیکی، موجب جریمه‌ای معادل ۱۰% از فروش یا 2 میلیون تومان (هرکدام که بیشتر باشد) می‌شود. همچنین، اشخاصی که در این سامانه ثبت‌نام نکرده باشند، از معافیت‌های مالیاتی، نرخ صفر و مزایای قانون مالیات مستقیم محروم خواهند شد.